在中國歷史上，朱熹不僅是一位大儒學家，而且是一位大哲學家。歷代學術界對其贊賞有加，尤其是近幾十年來，在復興傳統文化的大旗下，人們更加重視對其思想的分析與研究。在眾多研究中，只有少數學者如劉述先、張品端等著文討論朱熹思想的內在矛盾，多數人在分析與研究的招牌下，以頌揚為主調。作為歷史人物，朱熹固然偉大，卻也難掩其歷史局限性，即朱熹的哲學思想必定存在著某些缺陷或不足。本文將嘗試探討朱熹哲學是否存在著某些不足甚至是錯誤，原因何在。筆者將通過分析朱熹的鬼神觀、人性觀、道氣觀等，指出：朱熹強調理與氣的統一性，卻忽略了兩者的一致性。正是這一基本立場的失誤，導致了朱熹在上述若干問題上的自相矛盾。
一、鬼神與形而下者
朱熹思想的矛盾之一體現于他的鬼神觀中。朱熹承認鬼神的存在，并且指出：
鬼神只是氣。屈伸往來者，氣也。天地間無非氣。人之氣與天地之氣常相接，無間斷，人自不見。人心才動，必達于氣，便與這屈伸往來者相感通。如卜筮之類，皆是心自有此物，只說你心上事，才動必應也。
鬼神只是氣的某種存在狀態。這種氣質，具體地說，又分為氣與質：
所謂神者，以其主乎形氣也。人所以生，精氣聚也。人只有許多氣，須有個盡時；……盡則魂氣歸于天，形魄歸于地而死矣。……凡無形者謂之理；若氣，則謂之生也。清者是氣，濁者是形。氣是魂，謂之精；血是魄，謂之質。
精氣聚而為生命，散則為魂魄。魂魄是氣與質。“氣自是氣，質自是質，不可滾說。”氣、質不同。
氣即陰陽之氣，它為生物提供生命力：
有太極，則一動一靜而兩儀分；有陰陽，則一變一合而五行具。然五行者，質具于地，而氣行于天者也。……五行具，則造化發育之具無不備矣。
萬物生于陰陽之氣：“有理便有氣流行，發育萬物。
萬物皆由氣發育而來。氣醞釀凝聚生物。生命在于氣：“生者，人之所得于天之氣也。”
氣是萬物生生不息之本或依據。有此氣方才為生，無之則死。故，陰陽之氣主生。“氣聚則生，氣散則死。”
人物之生，莫不有是性，亦莫不有是氣。然以氣言之，則知覺運動，人與物若不異也；以理言之，則仁義禮智之?豈物之所得而全哉？此人之性所以無不善，而為萬物之靈也。
氣是生命體的本質或動力，這便是中國傳統生命哲學的基本觀念。這種以氣為本的生命哲學源自于早期的道家和《周易》：“原始反終，故知死生之說。精氣為物，游魂為變，是故知鬼神之情狀。”（《周易·系辭上》）朱熹吸收這一傳統說法，并進一步提出：“陰精陽氣，聚而成物，神之伸也。魂游魄降，散而為變，鬼之歸也。”能夠聚集生物之氣乃為陰陽之氣。其中，陽氣動而生物。“又統而言之，則氣陽而質陰也；又錯而言之，則動陽而靜陰也。”陽動而變化，生生不已。陰靜而成物，“陰陽變化，流行而未始有窮，陽之動也；人物稟受，一定而不可易，陰之靜也”。于是，萬物的生成包含兩個環節：陽動與陰靜。其中，陽動指氣之生生不已。陽氣為生物提供生命之元。
萬物的生成除了陽氣提供生命力之外，還有一種氣為其提供材質，這便是五行之質。五行之質指金、木、水、火、土五種材質：
陰陽是氣，五行是質。有是質，所以做得物事出來。五行雖是質，他又有五行之氣做這物事，方得。然卻是陰陽截做這五個，不是陰陽外別有五行。
陰陽之氣依靠五行之質組成萬物，即五行是組成萬物的材料（質）。“陽變陰合而生水火木金土。”陰陽，氣也，生此五行之質。天地生物，五行獨先。地即是土，土便包含許多金木之類。天地之間，何事而非五行？五行陰陽，七者滾合，便是生物底材料。
由陰陽之氣而生成五行之材料，并進而產生萬物。五行乃是生物的材料。這種生物之質，朱熹有時候又叫做“五行之氣”。從人的生命來看，“以人身言之：呼吸之氣便是陰陽，軀體血肉便是五行，其性便是理。……其氣便是春夏秋冬，其物便是金木水火土，其理便是仁義禮智信”。陰陽指呼吸之氣，五行組成血肉之軀。金木水火土五種材質組合，造就生命。五行即物體的材料。
陰陽之氣與五行之質合成生物體。朱熹以身為例：“以人身言之：呼吸之氣便是陰陽，軀體血肉便是五行，其性便是理。……其氣便是春夏秋冬，其物便是金木水火土，其理便是仁義禮智信。”陰陽之氣為生命提供動力，五行之質為生命提供形體。有動力的形體便是“生物”。生物的動力便是其神。材質便是其魄。神、鬼、魂、魄等終究還是某種氣質。
朱熹將這種生命之氣視為形而下的存在者：“蓋太極是理，形而上者；陰陽是氣，形而下者。然理無形，而氣卻有跡。”陰陽之氣是形而下者。“性是形而上者，氣是形而下者。形而上者全是天理，形而下者只是那查滓。至于形，又是查滓至濁者也。”氣及其構成的器物屬于形而下的存在：
陽實陰虛，又不可執。只是陽便實，陰便虛，各隨地步上說。如揚子說：“于仁也柔，于義也剛。”今周子卻以仁為陽，義為陰。要知二者說得都是。且如造化周流，未著形質，便是形而上者，屬陽；才麗于形質，為人物，為金木水火土，便轉動不得，便是形而下者，屬陰。若是陽時，自有多少流行變動在。及至成物，一成而不返。謂如人之初生屬陽，只管有長；及至長成，便只有衰，此氣逐旋衰減，至于衰盡，則死矣。
陰陽之氣與五行之質都屬于形而下的存在，作為其形式的鬼神自然也成為形而下的存在：
鬼神主乎氣而言，只是形而下者。但對物而言，則鬼神主乎氣，為物之體；物主乎形，待氣而生。蓋鬼神是氣之精英，所謂“誠之不可掩”者。誠，實也。言鬼神是實有者，屈是實屈，伸是實伸。屈伸合散，無非實者，故其發見昭昭不可掩如此。
鬼神是氣，因此也是形而下的存在。
無論是魂魄，還是鬼神，從經驗的角度來看，既是無形，亦是不可認知的。魂魄無形而不可知。同理，作為生物之元的氣，實在而無形，且不可知曉。這種存在者，顯然不能理解為有形且可知的形而下者，而應該理解為形而上者。朱熹將這種生成萬物之氣比作種子：
且如天地間人物草木禽獸，其生也莫不有種，定不會無種子白地生出一個物事。這個都是氣。
氣是萬物生成的種子。朱熹的種子說可能受到佛教種子說的影響。佛教種子說里的種子，如阿賴耶識種子、如來藏種子，顯然是形而上的。陰陽之氣是形而上者，實在而無形，且不可知曉。同樣，金、木、水、火、土等五行，與其說直接指稱五種物體，毋寧說是五類尚未成型的質料。雖說它們具有實體性，卻非指某類具體的、有形的、可知的事物。在這些材料的基礎上，天地生物。從宋人的先天圖來看，太極、陰陽、五行，最后是萬物。也就是說，五行先于物體。或者說，不能把五行稱為物體，它先于物體存在。這種實體性的、先于成形之物的存在，與其說是形而下者，毋寧說是形而上者，五行亦屬于形而上者。
元氣、五行以及它們的表現形態即鬼神等，從經驗看，無疑是形而上的存在。朱熹將其理解為形而下的存在顯然有誤，這是朱熹理學的第一個矛盾之處。事實上，朱熹自己也似乎意識到了這一不足：
神即是心之至妙處，滾在氣里說，又只是氣，然神又是氣之精妙處，到得氣，又是粗了。精又粗，形又粗。至于說魂，說魄，皆是說到粗處。賀孫。寓錄云：直卿云：“看來神字本不專說氣，也可就理上說。先生只就形而下者說。”先生曰：“所以某就形而下說，畢竟就氣處多，發出光彩便是神。”味道問：“神如此說，心又在那里？”曰：“神便在心里，凝在里面為精，發出光彩為神。精屬陰，神屬陽。說到魂魄鬼神，又是說到大段粗處。”
神并非純指氣，也有理的屬性，這種理的屬性顯然包含了形而上的特性。
二、理本與氣本
善惡都是對現實存在的指稱或描述。也就是說，現實中不僅存在著某些善的事實，而且存在著某些惡的事實。惡的本質是什么？按照中國傳統的思維方式，惡的來源是什么呢？有人就此問題問朱熹：“天地之性既善，則氣稟之性如何不善？”朱熹答曰：“理固無不善，才賦于氣質，便有清濁、偏正、剛柔、緩急之不同。”在朱熹看來，天地之性便是理，是純善的。那么，惡又從何而來呢？盡管我們不否認天地之性也是惡的來源，但它顯然不是惡的直接來源，否則善性如何變為惡性呢？這意味著，惡的本源，除了善性之外，可能還有一個本源。這便是朱熹的氣質說：
命，猶令也。性，即理也。天以陰陽五行化生萬物，氣以成形，而理亦賦焉，猶命令也。于是人物之生，因各得其所賦之理，以為健順五常之德，所謂性也。率，循也。道，猶路也。人物各循其性之自然，則其日用事物之間，莫不各有當行之路，是則所謂道也。
萬物初生之時，不僅有理，而且有氣。理定自性，氣成其形。二者合作，成就事物。于是，朱熹將性分為兩類，即天地之性與氣質之性：“論天地之性，則專指理言；論氣質之性，則以理與氣雜而言之。”天地之性即天理。氣質之性則涵括理與氣。人類在初生之時不僅稟賦天理而成性，而且稟受氣質以成形：“氣，是那初稟底；質，是成這模樣了底。如金之礦，木之萌芽相似。”氣指初稟之物，質指成形之材。
先有個天理了，卻有氣。氣積為質，而性具焉。
陰陽是氣，五行是質。有這質，所以做得物事出來。五行雖是質，他又有五行之氣做這物事，方得。然卻是陰陽二氣截做這五個，不是陰陽外別有五行。如十干甲乙，甲便是陽，乙便是陰。
陰陽專指初生之物，五行則隨其后，由二氣積聚成形。于是，人在初生之時就有兩種稟賦，一是性，二是氣。二者都是人之初，并且對后來的生長具有基礎性地位。這種基礎性的初稟，便是性。前者稱之為天地之性，后者稱之為氣質之性。
朱熹曰：“才有天命，便有氣質，不能相離。若闕一，便生物不得。既有天命，須是有此氣，方能承當得此理。若無此氣，則此理如何頓放！”天地之性與氣質之性相依相伴、不可分離。他進一步指出：
天命之性，本未嘗偏。但氣質所稟，卻有偏處，氣有昏明厚薄之不同。然仁義禮智，亦無闕一之理。但若惻隱多，便流為姑息柔懦；若羞惡多，便有羞惡其所不當羞惡者。且如言光：必有鏡，然后有光；必有水，然后有光。光便是性，鏡水便是氣質。若無鏡與水，則光亦散矣。謂如五色，若頓在黑多處，便都黑了；入在紅多處，便都紅了，卻看你稟得氣如何，然此理卻只是善。既是此理，如何得惡！所謂惡者，卻是氣也。
作為人類，皆有天地之性，這便是理。人皆有理。同時，由于個人稟氣不同，才有了圣愚之分。昏明厚薄的氣質差異造成個體的稟賦差異，并最終出現圣人與愚夫。邪惡的原因不在于天地之性，而在于稟賦的氣質。氣是邪惡的來源或決定者。
天地萬物因為氣質的不同產生不同的種類：以其理而言之，則萬物一原，固無人物貴賤之殊；以其氣而言之，則得其正且通者為人，得其偏且塞者為物。
從理的角度看，天地萬物，包括人在內，都是一致的。同時，雖然人與物都是由氣組成，但是，二者依靠的氣，或者說，組成二者的氣的成分不一樣。得正氣者便是人，得偏氣者便為物：人物之生，同得天地之理以為性，同得天地之氣以為形；其不同者，獨人于其間得形氣之正，而能有以全其性，為少異耳。
人性或理便是人類的自性。人類因此而區別于他物。“同者理也，不同者氣也。”同類事物享有同理，卻因稟氣差異有所不同。理是某類事物的自性，比如人、牛、馬等。
即便是人類，也會因為氣質不同而分類：“性分是以理言之，命分是兼氣言之。命分有多寡厚薄之不同，若性分則又都一般。此理，圣愚賢否皆同。”圣愚都屬于人類，因而具有一致的理。圣愚的區別在于稟氣差異，而不是理的不同：“昏濁者是氣昏濁了，故自蔽塞，如在贋屋之下。然在人則蔽塞有可通之理。”圣愚同理，不同的僅僅是所稟之氣。朱熹論證曰：
人物性本同，只氣稟異。如水無有不清，傾放白碗中是一般色，及放黑碗中又是一般色，放青碗中又是一般色。……人物之生，天賦之以此理，未嘗不同，但人物之稟受自有異耳。如一江水，你將杓去取，只得一杓；將碗去取，只得一碗；至于一桶一缸，各自隨器量不同，故理亦隨以異。
世人同有天地之性，即人皆有仁義禮智等善性，其異在于稟受氣質的不同。
謂如日月之光，若在露地，則盡見之；若在贋屋之下，有所蔽塞，有見有不見。昏濁者是氣昏濁了，故自蔽塞，如在贋屋之下。然在人則蔽塞有可通之理；至于禽獸，亦是此性，只被他形體所拘，生得蔽隔之甚，無可通處。至于虎狼之仁，豺獺之祭，蜂蟻之義，卻只通這些子，譬如一隙之光。至于獼猴，形狀類人，便最靈于他物，只不會說話而已。……性如日光，人物所受之不同，如隙竅之受光有大小也。人物被形質局定了，也是難得開廣。如螻蟻如此小，便只知得君臣之分而已。
人因為秉受的氣質不同，才有了圣賢卑賤的區別：
只是一個陰陽五行之氣，滾在天地中，精英者為人，渣滓者為物；精英之中又精英者，為圣，為賢；精英之中渣滓者，為愚，為不肖。
氣質造人，形成圣賢困愚之別，最終人分三等。善良與邪惡產生的原因是氣質，氣是邪惡的本源。
氣或氣質之性是惡的本源。假如我們將惡看作某類事實，那就意味著：這類的事實不僅有善的理本源，而且還有非善的氣質作為其本原。這顯然與朱熹強調的理本論相矛盾。為了避免這一矛盾，朱熹提出：“論天地之性，則專指理言；論氣質之性，則以理與氣雜而言之。”氣質之性兼具理與氣。也就是說，氣質并非單純的氣質，其中還包含著理，這意味著氣含理，理氣關系表現為道氣關系。
三、道氣之同與異
在道氣關系上，朱熹學說也很難自圓其說。朱熹將道解釋為路：
道，猶路也。人物各循其性之自然，則其日用事物之間，莫不各有當行之路，是則所謂道也。
道訓路，大概說人所共由之路。理各有條理界瓣。
道是路。作為路，道是人們行走時必須遵循的道路。“凡言道者，皆謂事物當然之理，人之所共由者也。”道是所有人行走時都離不開的東西。或者說，它是人們到達某處所時必須遵循的正確路徑。沒有這條路，人們便無法接近某個目標。道之所以是正路，原因在于它內含理：
理是有條瓣逐一路子。以各有條，謂之理；人所共由，謂之道。
人們遵循之路內含條理。因此，道符合理，或者說，道即理。朱熹通常將道解釋為理：
道者，日用事物當行之理，皆性之德而具于心，無物不有，無時不然，所以不可須臾離也。
道即理。由此，朱熹常常將道與理合用，形成“道理”一詞。在有些情形下，他甚至直接將道解釋為道理：
誠者，理之在我者皆實而無偽，天道之本然也；思誠者，欲此理之在我者皆實而無偽，人道之當然也。
理即天道的本然，是天道的真實內容：
道者，古今共由之理，如父之慈，子之孝，君仁，臣忠，是一個公共底道理。德，便是得此道于身，則為君必仁，為臣必忠之類，皆是自有得于己，方解恁地。堯所以修此道而成堯之德，舜所以修此道而成舜之德，自天地以先，羲黃以降，都即是這一個道理，亙古今未常有異，只是代代有一個人出來做主。做主，便即是得此道理于己，不是堯自是一個道理，舜又是一個道理，文王周公孔子又別是一個道理。老子說：“失道而后德。”他都不識，分做兩個物事，便將道做一個空無底物事看。吾儒說只是一個物事。以其古今公共是這一個，不著人身上說，謂之道。德，即是全得此道于己。
道即理，且是公理。“天道是自然之理具，人道是自然之理行。”天道具天理、人道有人理。道即是理。
作為理的道是形而上的存在。道無形體：道無形體，卻是這物事盛，載那道出來，故可見。“與道為體”，言與之為體也。這“體”字較粗。……也便在里面。只是前面“體”字說得來較闊，連本末精粗都包在里面；后面“與道為體”之“體”，又說出那道之親切底骨子。恐人說物自物，道自道，所以指物以見道。其實這許多物事湊合來，便都是道之體，便在這許多物上，只是水上較親切易見。
形體即現實可見之物體。道非物質性形體：
此等處要緊。“與道為體”，是與那道為體。道不可見，因從那上流出來。若無許多物事，又如何見得道？便是許多物事與那道為體。水之流而不息，最易見者。如水之流而不息，便見得道體之自然。此等處，閑時好玩味。
道是不可見的、非物質性的存在。這種不可見的、非物質性的存在，朱熹稱之為形而上者：
衣食動作只是物，物之理乃道也。將物便喚做道，則不可。且如這個椅子有四只腳，可以坐，此椅之理也。若除去一只腳，坐不得，便失其椅之理矣。“形而上為道，形而下為器。”說這形而下之器之中，便有那形而上之道。若便將形而下之器作形而上之道，則不可。且如這個扇子，此物也，便有個扇子底道理。扇子是如此做，合當如此用，此便是形而上之理。天地中間，上是天，下是地，中間有許多日月星辰，山川草木，人物禽獸，此皆形而下之器也。然這形而下之器之中，便各自有個道理，此便是形而上之道。所謂格物，便是要就這形而下之器，窮得那形而上之道理而已，如何便將形而下之器作形而上之道理得！……天地中間，物物上有這個道理，雖至沒緊要底物事，也有這道理。蓋“天命之謂性”，這道理卻無形，無安頓處。只那日用事物上，道理便在上面。這兩個元不相離，凡有一物，便有一理，所以君子貴“博學于文”。
道理無形狀，因此屬于形而上的存在。形而上的存在，按照今天的哲學來說，便是現實的、經驗之外的存在，它是超越性存在。
超越性的道，朱熹認為是“虛底物”：
道義是虛底物，本自孤單；得這氣帖起來，便自張主。無所不達。如今人非不為善，亦有合于道義者。若無此氣，便只是一個衰底人。
虛底物本身無法獨立實在，只能夠依賴于氣而存在。
不是兩物相襯貼，只是一滾發出來。但道理得此浩然之氣襯貼起，方有力量，事可擔當。若無是，則餒矣。
道因氣而在。朱熹曰：
道義是公共無形影底物事，氣是自家身上底物。道義無情，若自家無這氣，則道義自道義，氣自氣，如何能助得他。
道義與氣結合才能夠成事。虛底物與形而下的氣明顯分為二物：
“一陰一陽之謂道”。陰陽是氣，不是道，所以為陰陽者，乃道也。若只言“陰陽之謂道”，則陰陽是道。今曰“一陰一陽”，則是所以循環者乃道也。
陰陽之氣與道是分別的事物。“氣與義自是二物。只集義到充盛處，則能強壯，此氣便自浩然，所以又反來助這道義。無是氣，便餒而不充了。”義即道，道與氣別為二物。
道不僅是理，而且也不完全同于理：“道者，天理之當然，中而已矣。”天理之當然，并非簡單地同于天理，而是統一于天理：當即匹配、符合。天理之當然應該指遵循天理而產生的事物。它不同于天理，卻遵循、符合天理。朱熹曰：“性者，人所受之天理；天道者，天理自然之本體，其實一理也。”天道即天理自然之本體。簡單地說，道即理的真實存在。這種真實存在具有兩種屬性，即符合性和發展性。天道不違背天理，因而是天理之本體。同時，天道又不能簡單地等同于天理。天道是天理之自然發展。這里雖然突出了二者之間的統一性、符合性，也不否認二者之間的差異性，即天道是由天理而來的原理，屬于天理的自然發展。“道者，天理之自然。”自然不是簡單地自然（naturally），而是描述兩個存在階段的事物之間的關系：保持自身基本屬性的關系。從西瓜的種子長出西瓜來，這便是自然。所以，天理之自然強調道與理的一致性或符合性，而非同一性。所以，朱熹稱：“道者，事物當然之理。”道是理的當然，而非天理之自身。
朱熹明確指出：道理之間有所不同。
問：“道與理如何分？”曰：“便是路，理是那文理。”問：“如木理相似？”曰：“是。”問：“如此卻似一般？”曰：“道字包得大，理是道字里面許多理脈。”又曰：“道字宏大，理字精密。”
理是道中的條理。道內含理。由此，道大于理：“道者，兼體、用，該隱、費而言也。……道是統名，理是細目。”道包含了理。其中的理是體：
“性者，道之形體；心者，性之郛郭。”此說甚好。蓋道無形體，只性便是道之形體。然若無個心，卻將性在甚處！須是有個心，便收拾得這性，發用出來。蓋性中所有道理，只是仁義禮智，便是實理。吾儒以性為實，釋氏以性為空。若是指性來做心說，則不可。今人往往以心來說性，須是先識得，方可說。
如果我們將性與理等同，那么，理與道的關系便直接顯現：理是道的體。道內含理，意味著道的內涵要豐富于理，或道不僅內含理，還有別的東西。簡單地說，道可以分為體、用，即道有體有用：
費，道之用也；隱，道之體也。用則理之見于日用，無不可見也。體則理之隱于其內，形而上者之事，固有非視聽之所及者。
道體為隱、不可見者，即是理。道用為日用：費是形而下者，隱是形而上者。……這個也硬殺裝定說不得，須是意會可矣。以物與理對言之，是如此。只以理言之，是如此，看來費是道之用，隱是道之所以然而不可見處。
道有體有用。朱熹弟子黃榦將這種形式稱作“道兼體用”：“道字看來亦兼體、用，如說其理則謂之道，是指體言；又說率性則謂之道，是指用言。”朱熹解釋道：
此語上是就天上說，下是就人身上說。……正是理，雖動而得其正理，便是道；若動而不正，則不是道。和亦只是順理，用而和順，便是得此理于身；若用而不和順，則此理不得于身。
道不僅有理作為其體，而且本身也是理的發用：
道是發用處見于行者，方謂之道；性是那道骨子。性是體，道是用。如云“率性之謂道”，亦此意。
性、理是體，道便是其用，即作用于萬事萬物中。“言誠者物之所以自成，而道者人之所當自行也。誠以心言，本也；道以理言，用也。”道兼體用，其體是理。相對于性理而言，道便是用。“‘克綏厥猷’，猷即道，道者性之發用處，能安其道者惟后也。”道即性體之發用與流行。“性自是體，道是行出見于用處。”道是用。朱熹曰：“忠者天道，恕者人道。天道是體，人道是用。”天道即理、是體，人道是用。所謂人道，朱熹解釋曰：
問：“天道、人道，初非以優劣言。自其渾然一本言之，則謂之天道；自其與物接者言之，則謂之人道耳。”曰：“然。此與誠者天之道，誠之者人之道，語意自不同。”
人道即天理發用于現實（事與物）。“天道是自然之理具，人道是自然之理行。”人道即理的流行、發用（“行”）。用現代流行的話說，便是“敞開”（unhiddenness）。
道兼體用，其體是隱，其用處自然是顯。朱熹曰：
道有大小精粗。大者、精者，固道也；小者、粗者，亦道也。觀《中庸》言“大哉圣人之道！洋洋乎發育萬物，峻極于天”，此言道之大處；“優優大哉！禮儀三百，威儀三千”，是言道之小處。
大者、精者當指作為理的道，而小者、粗者則應該指作為日用而顯現的道，比如禮儀等。禮儀等人道便是天道之流行。“蓋易以天道之流行者言，此以人性之發見者言。明天道流行如此，所以人性發見亦如此。”天道流行，流行是便是動。
從中國古代生存哲學看，物為氣形成。氣不僅構成形體（地氣），而且為生物提供動力（天氣）。只有氣或者氣構成的物才能夠流行、動。超越之理本身不生不死、無動無靜。如果天道要想流行、發用，便一定離不開氣。因此，只要我們承認道有用，那么，道便一定包含氣并以此作為流行、發用的行為主體，即作為體的道是理，而作為用的道便屬于氣。道既是理，又是氣。如果我們堅持朱熹的理氣二分論，那么，道與氣的關系便是矛盾的，甚至有些混亂。
事實上，道本身與氣的關系，早在《周易》便已經有所闡明，即“一陰一陽之謂道”：陰陽之氣的變化過程便是道。道離不開氣，或道含氣。這便是張載的道氣觀。張載曰：“由太虛，有天之名；由氣化，有道之名；合虛與氣，有性之名；合性與知覺，有心之名。”道即氣的變化。道的動作主體是氣。朱熹為了突出理、道的獨立性或實在性，完全無視理與氣的一致性，從而造成了道與氣的割裂，并形成道論上的自相矛盾。
四、結論：理氣關系辨正
造成上述矛盾的主要原因在于朱熹的理氣觀上的失誤。盡管朱熹認為理氣不分，即氣是理的安頓處：“才說性時，便有些氣質在里。若無氣質，則這性亦無安頓處。”說到理、性必然要說到氣。沒有氣，理、性便無法存在。“理未嘗離乎氣。然理形而上者，氣形而下者。自形而上下言，豈無先后！理無形，氣便粗，有渣滓。”理離不開氣。朱熹主張理氣不分或理氣統一。但事實上，朱熹更堅信理的獨立實在性：
此本無先后之可言。然必欲推其所從來，則須說先有是理。然理又非別為一物，即存乎是氣之中；無是氣，則是理亦無掛搭處。氣則為金木水火，理則為仁義禮智。
盡管氣是理的“掛搭處”，似乎無氣也無理，但這絲毫不影響理的實在性與獨立性。在朱熹看來，理先于氣：“理與氣本無先后之可言。但推上去時，卻如理在先，氣在后相似。”
理先氣后。朱熹解釋道：
未有天地之先，畢竟也只是理。有此理，便有此天地；若無此理，便亦無天地，無人無物，都無該載了！有理，便有氣流行，發育萬物。……有此理，便有此氣流行發育。
理發育萬物。理是萬物存在之本。朱熹以為理是本：“有是理便有是氣，但理是本，而今且從理上說氣。”理不僅是氣之本，而且是萬物之本：
太極只是天地萬物之理。在天地言，則天地中有太極；在萬物言，則萬物中各有太極。未有天地之先，畢竟是先有此理。動而生陽，亦只是理；靜而生陰，亦只是理。
從理與天地萬物的關系看，理先于氣物。如果理能夠先于氣，那么，理一定獨立于氣。或者說，理與氣是二物。這便是朱熹哲學的二元論現象。從中國古代生存哲學的立場來看，萬物的生存依賴于氣：天氣與地質。其中，天氣提供生命，地氣或地質提供形質。氣與質也是萬物生存的本源：
人之所以生，理與氣合而已。天理固浩浩不窮，然非是氣，則雖有是理而無所湊泊。故必二氣交感，凝結生聚，然后是理有所附著。凡人之能言語動作，思慮營為，皆氣也，而理存焉。
人的存在是理和氣共同作用的結果。理是本，氣也是本。事實上，朱熹在《太極圖說注》中提出生存譜系說：
有太極，則一動一靜而兩儀分；有陰陽，則一變一合而五行具。然五行者，質具于地，而氣行于天者也。……五行具，則造化發育之具無不備矣。
萬物產生于陰陽之氣，最終本于太極。太極是形而上之理，為無極。它并非事物的現實本源。也就是說，從現實的角度來看，萬物生于氣。這也基本符合傳統中國生命哲學。于是，萬物便有了兩個本，理與氣，這便是二元論。
很多學者提出朱熹的二元論問題。陳榮捷說：
形而上與形而下之分為兩橛,每易趨于兩元論或導致孰為主從。于二程學說中尚未見顯明。而于朱子,此種兩橛漸較顯著,因而兩難之困局,亦至迫切。朱子為免于此一困局,乃轉而求之于太極觀念。
劉述先亦提出：
理氣雖在實際上不可分，但理自理，氣自氣，二者決不可以互相化約，這是朱子一貫的思想!故由形上構成的角度看，朱子主張理氣二元不離不雜的思想是不容辨者。
劉述先進而指出：
由形而上的構成看，朱熹是二元論，由功能實踐的角度看，朱熹是一元論；兩方面融為一體，才能夠把握到朱熹思想的全貌。
盡管這一說法與其早期有些不同，但對朱熹二元論的定位完全一致：從形而上學的角度看，朱熹是二元論者。這一立場得到許多學者的認同：“我們之所以要把朱子說成理氣二元論者,一則是因為他高懸其‘理’,賦予無上之地位。”很多人相信朱熹是二元論者。
朱熹的二元論顯然具有“內在的矛盾，就朱熹而言,在他的體系中最基本的矛盾：一是理本體論同氣本體論的矛盾；二是理本體論同心本體論的矛盾”。朱熹沒有正確理解理與氣的關系，從而形成理本論與氣本論并存的局面，并由此形成矛盾。朱熹僅僅認為理氣二者具有統一性，卻忽略了二者之間的一致性，從而割裂理氣，以為理氣為二物。事實上，朱熹的理不僅具有實體性或實在性，而且還是一種普遍的存在，即universal。朱熹指出：“理是有條瓣逐一路子。以各有條，謂之理；人所共由，謂之道。”理是事物的條理。同類事物便有相同的理：
理固是一貫。謂之一理，則又不必疑其多。自一理散為萬事，則燦然有條而不可亂，逐事自有一理，逐物自有一名，各有攸當，但當觀當理與不當理耳。既當理后，又何必就上更生疑！
各類事物都因為有了各自的條理，因而井然有序、各自擔當。朱熹曰：“有是理，方有這物事。如草木有個種子，方生出草木。如人有此心去做這事，方始成這事。若無此心，如何會成這事。”理是事物的依據。同類事物便共同遵循同一個道理，比如人之理：
這理是天下公共之理，人人都一般，初無物我之分。不可道我是一般道理，人又是一般道理。將來相比，如赤子入井，皆有怵惕。知得人有此心，便知自家亦有此心，更不消比并自知。
我和別人一樣具備一致的理，如同人類的DNA。理是同類存在物之理，某類事物的DNA，屬于通名。這便是理的普遍性。這種普遍的實在，十分類似于柏拉圖的理念。
這種普遍之理雖然不同于具體之氣，卻蘊含于氣中，或者說，是氣的某個特殊的部分，即DNA只能蘊含于事物中。這個類似于DNA的部分，人類只能依靠自己的理性才可以覺察出來，即理和氣的關系并非經驗中的二物關系，而是思辨中的二物關系。在思辨思維中，理與氣別為二物。但是，在經驗思維中，二者卻同為一物。二者不僅具有統一性，而且具有部分同一性或一致性，即理是氣的某個特殊部分。這樣，氣本論與理本論便由此獲得統一。氣本論也可以解釋為理本論，因為氣中含理。理與氣之間不僅既具有差異中的統一，而且二者之間還存在著一致性，即氣中的某個特殊部分便是理。理便是氣。這便是我們對朱熹理氣關系的實在論的解讀。
對于朱熹理氣關系說，思想史上早就有人看出其中的不足。其中最重要的代表便羅整庵。羅整庵的核心命題便是理即氣，強調理氣一致性。而這正是對朱熹理氣二元論的糾正或超越。